出生缺陷作為全球共有的公共衛生問題，是導致嬰兒死亡率和兒童發病率升高的主要原因，嚴重影響兒童的生存和生活質量，給患兒及其家庭帶來巨大痛苦和經濟負擔。一直以來，長沙市婦幼保健院高度重視出生缺陷防治工作，通過多方舉措，切實提高出生人口素質。

2006年，醫院成為長沙市產前診斷中心、長沙市新生兒疾病篩查中心；2019年，成為長沙市出生缺陷臨床精準防控研究中心。近年來，長沙市婦幼保健院著力提升婦幼健康服務能力，重點推進保障母嬰安全、防控出生缺陷、實施婦幼健康等民生實事，婦幼衛生事業呈現出極大活力。2020年，醫院成為全國出生缺陷防治人才培訓協同單位，開展了新生兒原發性免疫缺陷篩查技術，為有效降低新生兒出生缺陷率提供了新的解決思路。